[b]Чунин[/b]
Чунин (中忍, дословно «средний ниндзя», а именно «Ниндзя-Наёмник») — в его обязанности входит руководство и наблюдение за небольшими группами других ниндзя. Шиноби этого разряда достигли уровня зрелости, которая прежде всего состоит из навыков лидерства и тактического мастерства. Некоторые из них, как например Ирука Умино, исполняют функции преподавателя; а другие, такие как Нара Сикамару, служат руководителями групп, отвечая за небольшие команды, они должны с максимальной эффективностью принимать решения и использовать навыки синоби под их командыванием. Тюнина обычно посылают на миссии сложности C или B.
Чтобы достигнуть уровень Чунина, Гэнин вместе со своей командой должен принять участие в крупном экзамене, известном как «Экзамен Чунин». Единственный экзамен представленный нам в аниме и манге «Naruto», состоящий из трёх этапов: первая стадия проверяет способность собирать информацию и принимать решения (в том числе полное понимание философии ниндзя), вторая стадия проверяет способности исполнения миссий и соблюдения руководящих установок, и третья состоит из поединков между теми, кто прошел предыдущие две стадии, за участниками наблюдает совет, который решает кому присваивать и кому нет звание Чунина. Фактически это решение основано не на том кто побеждает, а скорее на их действиях в течение поединков; например, Шикамару терпит поражение в его первом состязании, но ему присваивают звание Чунина за его стратегическое решение сдасться. Таким образом, любой, кто доходит к третьей стадии Экзамена, имеет шанс стать Чунином. Однако, если судьи полагают, что ни один из кандидатов не имеет соответствующих квалификаций, возможна ситуация когда никто не повышается в звании; например Наруто Узумаки одержав победу, был оценён как один из лучших Гэнинов, но ещё далёкий от уровня Чунин. Также может быть проведён предварительный отборочный тур, если до третьего испытания достигает слишком много команд-ниндзя; для Экзамена Чунин семь команд, закончивших вторую фазу теста — это необычно высокое число; проигравшие в дуэлях не могут участвовать в заключительном турнире и таким образом претентедовать на повышение.
В прошлом каждая деревня проводила свой собственный экзамен Чунин. После Третьей Мировой Войны Ниндзя, союзнические селения согласовались проводить этот экзамен лишь в одной избранной деревне, которая должна принимать к себе гостей из других стран. Это было сделано, чтобы улучшить отношения между селениями и предотвратить потенциальную войну между ними. Другое преимущество состоит в том, что ниндзя принимающий участие в экзамене, привлекает клиентов, которые интересуются их наемом. Из-за растущего числа шиноби в каждой деревне, экзамен организовывают дважды каждый год.
После достижения уровня Чунин, ниндзя может носить опознавательный боевой жилет, в котором держутся ниндзюцу-свитки. Этот жилет не является обязательным; взамен, некоторые предпочитают носить мантии, плащи или же какой-либо другой костюм.

[b]Токубэцу Джонин[/b]
Токубэцу Джонин (特別上忍, дословно «специальный верхний ниндзя» а именно «Ниндзя Особого Назначения», иногда для сокращения известен как «Токудзё») находятся на том же уровне, что и Джонин. Это элитные специалисты, находящиеся в группах под командованием обычного Джонин или возглавляющие команды особого назначения, которым вверяют особые задания одной определённой области (часто это касается убийства). В этой категории присутствуют также члены команды АНБУ, специализированные в отдельных отраслях военной науки, например медицинской. Кроме того, к ним относятся Джонин, специализированные в пытках и допросах. Ниндзя этого уровня носят маски разных животных, чтобы быть неузнанными.
Один из примеров Джонина особого назначения — это Ибики Морино. Уникальная способность этого прсонажа заключается в полном понимании работы человеческого мозга и поэтому он возглавляет ниндзя, специализированных на допросах. Ещё один пример — Эбису, элитный преподаватель специализирован в частном обучении молодёжи, еще не ставшей Гэниниом.

[b]Ниндзя медики[/b]
Ниндзя медики (医療忍) — специализируются в лечении, главным образом используя для этого медицинские дзюцу. Должность врача ниндзя требует большого уровня знаний и превосходного контроля чакры, так как она используется при излечении различных повреждений. Кроме медицинского обучения они, для избежания вражеских атак, уделяют особое внимание изучению боевых навыков, состоящих главным образом из техник тайдзюцу и некоторых медицинских дзюцу. Главной причиной этому является то, что смерть санитара-ниндзя может привести к смерти всей команды. Обычно медики посылаются наряду с группой в опасные миссии, тем самым, увеличивая процент выживания той команды.
Для наиболее серьезных повреждений, ниндзя медик выполняет Заживляющую Технику Восстановления и Реанимации (治活再生の術), которая использует частицы тела пострадавшего для регенерации клеток зоны повреждения. Дзюцу требует большого количества времени и концентрации, по этому врачебный персонал, чтобы отдохнуть, периодически сменяется.

[b]Саннин[/b]
Сэннин (или Саннин), так называемые «Легендарные ниндзя» — это ниндзя, которые намного сильнее обыкновенного Джонина. S-уровень не относится к обычным званиям, в действительности, официально их называют Джонинами, хотя они могут относиться к ещё более низким званиям или же вообще не иметь такого. Преданность шиноби этого ранга заключается в том, чтобы быть частью собственного селения и проявлять к нему лояльность даже не живя в нём, как например Джирайя или Цунадэ (до того, как она стала Хокагэ). Часто ниндзя этого уровня решают покинуть своё селение, пускаясь на поиск своих амбиций, и становятся предателями-ниндзя. Например, организация Акацуки первоначально состояла из десяти таких шиноби S-уровня. Также ниндзя этого класса часто фигурируют в книге «Лото», список значительных врагов для убийства, который предусматривает каждая деревня для своих Джонинов и членов команды АНБУ. Большинство шиноби, даже высшего уровня, бегут находясь перед кем-то S-уровня.
Ниндзя этого уровня значительно выделяются среди других и часто имеют прозвища, которые им дали их друзья или враги. Группа ниндзя, которая заслужила титул Три Легендарных Ниндзя состояла из Джирайи, известного как «Жабий Отшельник», Орочимару, как «Саннин Змей» и Цунадэ, прозванной «Легендарная Остолопка» из-за своего неумения выигрывать в спорах, или «Госпожа Улиток Листвы». Эта тройка, в прошлом ученики Сарутоби (Третий Хокагэ), выделяется своими потенциалами ниндзя, очень рано достигнув титула Джонин. Другие ниндзя этого уровня были Четвёртый Хокагэ, прославленный как «Желтая Молния Листвы»; или отец Какаши, Сакумо Хатакэ, известный как «Белый клык Скрытого Листа». Также старушку, кукловода из Селения Песка, Тиё можно отнести к Сэннин. Кроме того многие Кагэ имеют тенденцию происходить из этого уровня.

[b]Похожие организации[/b]
Коноха имеет две организации похожие на АНБУ, но не являющиеся его подразделениями. Военная Полиция Листвы (木ノ葉警務部隊 Коноха Кэйму Бутай) или просто Военная Полиция — является уникальной организацией в Селении Листвы, хотя и другие деревни могут иметь подобные системы. Символ Военной Полиции — герб основавшего её Клана Учиха. Однажды она в основном состояла из членов именно этого клана, однако в настоящий момент большинство из них уже нет в живых. Данная организация занимается соблюдением законов в Селении, и имеет практически неограниченную юрисдикцию. Тем не менее, она не может вмешиваться в области, которые находятся под прямым контролем Хокагэ. Также они уважают следственную систему и внутреннюю дисциплину организации АНБУ. Нидзю Сётай (二十小隊, Отряд Двадцати) — это оперативная группа созданная Цунадэ, Пятым Хокагэ. Эта воинская часть была создана ради розыска и захвата, в случае необходимости, устранения членов организации Акацуки на территории Страны Огня. Нидзю Сётай состоит из 20 команд, каждая из которых насчитывает четыре элемента.
Корень АНБУ из Конохи обычно подчиняются прямым командам Хокагэ, но за несколько лет до первых событий первой части «Naruto», существовал Департамент Подготовки АНБУ известный как Корень (根), который был основан и непосредственно возглавлен Дандзо. С того момента как Дандзо начал вести военную политику, что противоречило мировоззрению Третьего Хокагэ, Корень был расформирован. Несмотря на это многие ниндзя остались преданны организации; по крайней мере нам известны двое (помимо Дандзо): один из них Сай, вверенный Команде № 7 вместе с Наруто и Сакурой; второй — его коллега старшего уровня, к которому тот обращается просто как «сэнпай».
Корень способствует полному устранению эмоций, чтобы дать возможность своим членам доводить до конца миссии не сдерживая себя. Эта организация имеет тенденцию следовать и дальше своим убеждениям: шиноби, в отличие от большинства других групп ниндзя, не должен показывать никаких чувств (из упоминаний Сайя о правилах после того, как у него был найден подарок его «брата»). Считается, что Корень использовал методы, подобные выпускному экзамену Академии Селения Тумана, который включал в себя смертельные поединки между студентами.
Также подразумевалось, что Дандзо вместе с Корнем планировал разрушить Селение Листвы, ища сотрудничество с Орочимару. Но вскоре была доказана неверность этих утверждений, поскольку истинная миссия Сая состояла в том, чтобы проникнуть в его ряды и убить Саске Учиха, таким образом устраняя возможную угрозу для Конохи. Однако, увидев какие дружеские отношения связывают Наруто и Саске, юноша отклоняется от плана и решает защитить эту связь.